Fondsregion Nord-Norge har som målsetting å styrke forskning for regional innovasjon og regional utvikling. Fondet skal jobbe for å mobilisere til økt FoU-aktivitet i regionen og bidra til utvikling av gode og konkurransedyktige FoU-miljøer.

Fondet skal støtte opp om prosjekter med regional relevans innenfor følgende prioriterte innsatsområder med tilhørende forskningsområder:
1. Verdiskaping og innovasjon i nordlig næringsliv
2. Klimatilpassing og næringer i nord
3. Regional velferdsutvikling i nordområdene
4. Grenseoverskridende regional utvikling i Barentsregionen
 

På tvers av innsatsområdene er det tre viktige perspektiver som er gjennomgående. Dette er perspektiver som vil telle positivt i søknader fra regionen. Perspektiver på tvers av innsatsområdene er:
1. Urfolk
2. Kjønn
3. Samarbeid regionalt, nasjonalt og internasjonalt
 

Fondsstyrets mål er å utlyse midlene på en slik måte at det oppnås mest mulig forskning innen de prioriterte innsatsområdene i FoU-strategien for Nord-Norge og kompetanse skal tas i bruk slik at den blir spredt og forankret regionalt i landsdelen. Det er også et mål at fondet skal bidra til et samspill med andre virkemiddelordninger, som for eksempel VRI (virkemidler for regional innovasjon og FoU) og nasjonale program fra Forskningsrådet. Det er også viktig at de ulike forskningsmiljøene i Nord-Norge samarbeider med hverandre.
Fondet ønsker å ta et ansvar for at nordnorsk kompetanse hos næringsliv og FoU-institusjoner utveksles slik at nytteeffekten øker.